薬学研究科は、薬科学専攻、並びに薬学専攻より構成される。ともに薬学の視点から「健康で安全な社会の形成」を実現する人材の育成を目的としている。すなわち、薬科学専攻修士課程では主に4年制薬学課程を修めた者を対象として、健康の維持や増進、病気の治療に貢献するため、新規生理活性物質の創製、その生理活性物質の薬効評価および作用機作の解明、動物実験を通じた生理活性物質の安全性評価など、一連の創薬科学の研究領域において広い学識と研究能力を身につけることを欲する者を受け入れる。
さらには薬科学専攻博士課程（後期）では主に5年制博士課程の修士課程を修めた者を対象として、医療人としての倫理性を備え、自己の発想を大切にして真理を探求する意欲を持ち、創薬科学の研究領域においてリーダーとなる指導能力を身につけ、研究の発展に寄与することを欲する者を受け入れる。

薬学専攻博士課程では、主に6年制薬学課程を修めた者や薬剤師と実務経験を有する者を対象として、医療薬学の分野において、問題解決能力を備えたリーダーとなる高度専門職薬剤師、あるいは薬剤師の視点からの創薬研究能力を身につけた薬剤師研究者(Pharmacist-Scientist)を目指す者を受け入れる。

薬学専攻博士課程

薬学専攻博士課程では、6年制新薬学課程で得た基盤的知識・技能を発展させる。薬剤師としての視点から医療薬学の領域、さらには生命科学、創薬科学の領域で、活躍するに必要な先端的専門知識と高度な研究技能、研究の企画・遂行能力を修得させ、専門職薬剤師としてあるいは薬剤師研究者として指導的能力を発揮できる人材を養成する。 すなわち、特別講義、医療薬学ゼミナール、特別研究を通じて、主に医療の場における問題の発見と解決や、新規医薬品の創製につながる基礎研究、あるいは既存薬のより有効な使用法の提案などに関わる研究能力を養成する。

博士（薬学）

所定の期間在学し、薬学研究科のカリキュラムポリシーに沿って設定した授業科目を履修して、基準となる単位数（32単位）以上を修得し、かつ必要な研究指導を受けた上で、博士論文の審査および試験に合格することが、学位授与の必要要件である。博士論文の審査および試験は、その論文が医療薬学を中心とする薬学の進歩に寄与する特に優れた研究成果を有しているかどうか、博士学位申請者が研究企画・推進能力、研究成果の論理的説明能力、研究分野に関連する高度で幅広い専門的知識、学術研究における高い倫理性を有しているかどうか等を基に行われる。