薬学研究科は、薬科学専攻、並びに薬学専攻より構成される。ともに薬学の視点から「健康で安全な社会の形成」を実現する人材の育成を目的としている。すなわち、薬科学専攻修士課程では主に4年制薬学課程を修めた者を対象として、健康の維持や増進、病気の治療に貢献するため、新規生理活性物質の創製、その生理活性物質の薬効評価および作用機作の解明、動物実験を通じた生理活性物質の安全性評価など、一連の創薬科学の研究領域において広い学識と研究能力を身につけることを欲する者を受け入れる。
さらには薬科学専攻博士課程（後期）では主に5年制博士課程の修士課程を修めた者を対象として、医療人としての倫理性を備え、自己の発想を大切にして真理を探求する意欲を持ち、創薬科学の研究領域においてリーダーとなる指導能力を身につけ、研究の発展に寄与することを欲する者を受け入れる。

薬学専攻博士課程では、主に6年制薬学課程を修めた者や薬剤師と実務経験を有する者を対象として、医療薬学の分野において、問題解決能力を備えたリーダーとなる高度専門職薬剤師、あるいは薬剤師の視点からの創薬研究能力を身につけた薬剤師研究者(Pharmacist-Scientist)を目指す者を受け入れる。

修士課程

薬科学専攻修士課程では、学士課程での教育によって得た薬学の基礎知識を発展させて、一連の創薬科学研究の全体像を理解した上で、基盤的な専門知識と研究技能、問題の発見とその解決能力を身につけることで、創薬研究を担うに必要な能力を修得させる。 すなわち、創薬科学特論を履修し学習することで、創薬科学研究に関わる生理活性物質の創製、その薬効評価や作用機作、動物実験を基盤とした安全性の評価等について基盤的知識を修得させる。さらに、創薬科学演習を通じて、論文の読解や問題の発見、プレゼンテーション能力を育成する。特別研究を通じて、先端的研究技術の修得と問題の発見とその解決能力の育成を行う。

博士課程（後期）

薬科学専攻博士課程（後期）では、修士課程で得た基盤的知識・技能を発展させて、先端的専門知識と高度な研究技能、研究の企画・遂行能力を修得させ、創造性豊かな研究・開発能力を持ち、創薬科学の研究領域で指導的能力を発揮できる人材を養成する。 すなわち、特別講義、生命科学ゼミナール、特別研究を通じて、自らの専門分野における研究の現状や最新の研究手法を理解した上で、自らの研究の位置づけやその研究の意義を議論し、新たな目標を設定して研究計画の立案とそれを実施できる高度な研究技術と研究能力を養成する。また、倫理性や強い責任感を育成し、研究結果に客観的に評価できる力を育てる。

修士（薬科学）

所定の期間在学し、薬学研究科のカリキュラムポリシーに沿って設定した授業科目を履修して、基準となる単位数（32単位）以上を修得し、かつ必要な研究指導を受けた上、修士論文の審査および試験に合格することが、学位授与の必要要件である。修士論文の審査および試験は、その論文が創薬科学を含む薬学の進歩に寄与する研究成果を有しているかどうか、修士学位申請者が研究の推進能力、研究成果の論理的説明能力、研究分野に関連する幅広い専門的知識、学術研究における倫理性を有しているかどうか等を基に行われる。

博士（薬科学）

所定の期間在学し、薬学研究科のカリキュラムポリシーに沿って設定した授業科目を履修して、基準となる単位数（24単位）以上を修得し、かつ必要な研究指導を受けた上で、博士論文の審査および試験に合格することが、学位授与の必要要件である。博士論文の審査および試験は、その論文が創薬科学を含む薬学の進歩に寄与する特に優れた研究成果を有しているかどうか、博士学位申請者が研究企画・推進能力、研究成果の論理的説明能力、研究分野に関連する高度で幅広い専門的知識、学術研究における高い倫理性を有しているかどうか等を基に行われる。